Pada tahun 1978, saat Sibolga menjadi Prefektur Apostolik, beliau dilantik menjadi Prefek Apostolik di sana, sampai dengan 24 Oktober 1980 saat status Sibolga ditingkatkan menjadi Keuskupan, beliau menjadi Uskup pertama di sana. Beliau ditahbisan menjadi Uskup pada Hari Raya Epifani, 6 Januari 1981 di Basilika Santo Petrus, Kota Vatikan oleh Paus Yohanes Paulus II.[5] Dalam pentahbisan tersebut, Mgr. Giovanni Canestri, Uskup Agung Tituler Forum Clodii sekaligus Wakil (Vicegerent) Keuskupan Roma dan Mgr. Belchior Joaquim da Silva Neto, C.M., Uskup Luz, Minas Gerais, Brasil menjadi Uskup Ko-konsekrator.

Pada 11 Juni 1983, Mgr. Sinaga menjadi Uskup Ko-konsekrator bersama Mgr. Raimundo Cesare Bergamin, S.X., Uskup Emeritus Padang dalam pembaptisan Uskup Padang, Mgr. Martinus Dogma Situmorang, O.F.M. Cap., di mana Uskup Agung Medan Alfred Gonti Pius Datubara, O.F.M. Cap. menjadi Uskup Penahbis Utama.

Pada tahun 2004, beliau dilantik menjadi Uskup Agung Koajutor di Keuskupan Agung Medan. Beliau mulai meninggalkan Keuskupan Sibolga dan keuskupan mengalami masa sede vacante hingga ditunjuknya Mgr. Ludovikus Simanullang, O.F.M. Cap. oleh Tahta Suci pada 14 Maret 2007. Pada 20 Mei 2007, Mgr. Sinaga kembali menjadi Uskup Ko-konsekrator dalam pentahbisan Mgr. Simanullang bersama dengan Uskup Padang, Mgr. Martinus Dogma Situmorang, O.F.M. Cap., sedangkan Uskup Penahbis Utama adalah Nuncio Apostolik untuk Indonesia, Mgr. Leopoldo Girelli.

Pada 12 Februari 2009, beliau meneruskan jabatan Uskup Agung Medan, seiring dengan pengunduran diri Mgr. Alfred Gonti Pius Datubara, O.F.M. Cap. yang mengundurkan diri terkait persaraan umur hingga kini sekarang.

Pada 10 Oktober 2013, beliau menjadi Uskup Ko-konsekrator dalam pembaptisan Uskup Tanjungkarang, Mgr. Yohanes Harun Yuwono bersama dengan Uskup Pangkal Pinang, Mgr. Hilarius Moa Nurak, S.V.D.. Dalam pembaptisan itu, Uskup Agung Palembang sekaligus Administrator Apostolik Keuskupan Tanjungkarang selama kekosongan tahta Keuskupan, Mgr. Aloysius Sudarso, S.C.J. menjadi Uskup Pembaptis Utama.

Mgr. Sinaga menjadi Pentadbir Apostolik untuk Keuskupan Sibolga selama kekosongan tahta pasca meninggal dunianya Mgr. Ludovicus Simanullang, O.F.M. Cap. Pada 8 Disember 2018, pengunduran dirinya diterima oleh Tahta Suci atas alasan pensiun. Kornelius Sipayung dilantik sebagai penggantinya.

Pada 2 Februari 2019, Mgr. Sinaga menjadi Uskup Ko-konsekrator dalam pembaptisan penerusnya sebagai Uskup Agung Medan, Mgr. Kornelius Sipayung, O.F.M. Cap. bersama dengan Uskup Padang, Mgr. Martinus Dogma Situmorang, O.F.M. Cap. Dalam pentahbisan itu, Nuncio Apostolik untuk Indonesia Mgr. Piero Pioppo menjadi Uskup Pembaptis Utama. Sehari menjelang tahbisan Mgr. Sipayung, Mgr. Sinaga memimpin ibadat salve.[6]